1. PG사에서 대금이 결제된 경우
PG사(결제 대행업체)에서 대금을 결제하여 카드매출이 발행한 경우 2003년까지는 이를 현금 매출로 보아 부가세 신고 시 현금매출로 신고하도록 하였다.

2004년 1월 1일부터는 이를 현금매출이 아닌 카드매출로 보아 카드매출로 신고해야 하는 것이며 카드매출이 발생할 경우 적용되는 신용카드 매출전표 발행공제를 적용 받을 수 있다.

신용카드 매출전표 발행공제는 법인이나 개인사업자로서 세금계산서를 반드시 교부하여야 하는 건설업, 도매업 등을 제외한 사업자가 적용 받을 수 있으며, 해당 사업자로는 개인사업자로서 세금계산서 교부가 불가능한 간이과세자나 음식점, 소매업 등을 영위하는 사업자 이다. 이러한 사업자가 신용카드매출을 한 경우 결제금액의 1/100에 상당하는 금액을 납부세액에서 공제한다. (500만원 한도)

2. 세금계산서와 신용카드 중복발행 금지
상대방이 세금계산서를 요구 시 교부의무 있는 사업자(소매업, 음식점업 등)는 세금계산서와 신용카드매출전표의 중복발행을 금지한다.(2004년 1월 1일 이후 시행)

이는 세금계산서를 반드시 발행하여야 하는 법인과 개인사업자 중 건설업이나 도매업을 영위하는 경우에는 해당이 되지 않는 것으로 도매업 등을 영위하는 사업자는 세금계산서와 신용카드 매출전표의 중복 발행이 가능하다..

3. 마일리지로 상품을 구입하는 경우 부가가치세 과세
인터넷쇼핑몰 사업자가 판매촉진을 위해서 상품을 구매한 소비자에게 물건을 구입할 때 마다 물건가격의 일정비율에 해당하는 마일리지를 주고 그 마일리지로 물건을 구매할 수 있게 하는 경우 이것은 부가가치세 과세대상이 된다. 즉 220원짜리 물건을 마일리지로 구매한 경우 20원의 부가가치를 납부하여야 하는 것이다.

4. 판매대행의 경우 매출액
 전자상거래업체인 회사가 다른 사업자로부터 물건을 공급 받아 소비자에게 판매하려고 하나 직접 판매하지 않고 구매요청을 받아 다른 사업자에게 전달하여 다른 사업자가 직접 배송하는 체계의 경우, 판매대행을 하고 받은 수수료만을 매출액(부가가치세 제외)으로 인식하고 부가가치세 해당금액은 부가가치세 예수금으로 처리한다.

5. 카드 결제 수수료는 어떻게 처리할까
판매자가 결제수단을 현금이나 신용카드로 선택하고 구매자가 신용카드를 결제하면 일정액을 카드사에 수수료로 지급하여야 하므로 쇼핑몰 사업자 입장에서 다소 부담이 될 수 있다. 하지만 인터넷 구매자의 대부분이 카드로 지불을 하는 현실을 감안한다면 카드 매출이 매출의 증대를 위하여 필요한 사항이다.

소비자가 카드로 결제하여 수수료가 발생한 경우 카드사나 카드대행사는 수수료를 차감한 잔액을 지급하게 된다.

쇼핑몰 사업자는 물건을 판매한 가액을 매출액으로 하고 수수료를 필요경비로 처리하면 된다. 이 때 주의해야 할 것은 판매가액에서 수수료를 차감한 금액을 받았다고 하여 수수료를 차감한 후의 잔액을 공급대가로 보아 부가세를 계산하는 오류를 범하지 않아야 한다.

6. 자택을 사업장으로 하는 경우
소호쇼핑몰의 경우 규모가 작고 굳이 따로 사업장을 얻지 않아도 되는 경우가 많으므로 자택에서 직접 사업을 하는 경우가 종종 있다. 이때 흔히 궁금해 하는 것이 사업자등록 신청을 할 때 자신의 집에다 사업자등록을 낼 수 있느냐 하는 문제인데 사업장의 경우는 사업을 하는 장소로 꼭 사무실일 필요는 없으므로 자신의 주택에 사업자등록을 내면 되겠다.

사업자등록은 사업장마다 하는 것으로 하나의 사업을 영위한다 하더라도 사업장이 여러 개면 사업자등록도 여러 개 등록하여야 하며 한 사업장에서 여러 개의 사업을 하는 경우 사업자등록은 하나이며 그 업종을 추가시키면 될 것이다.

사업장을 임차하여 임차료를 지급한 경우에는 세금계산서를 받아서 부가가치세 신고 시에 공제를 받도록 하고 일반과세자가 아닌 경우 영수증을 받아두고 계좌이체를 통하여 증빙을 갖추도록 해야 한다. 만약 건물주가 영수증 등을 주지 않는다면 계좌이체 등을 통한 거래명세표로서 그 증빙에 갈음할 수 있다.

자택을 사업장으로 사용하는 경우 자택은 사업과 직접적으로 관련된 경비로 보기 어려우므로 가사관련경비로 보아 필요경비에 산입하지 않는 것이다.